Misi Jabatan Oftalmologi Hospital Wanita Dan kanak-Kanak Sabah adalah seiring dengan Misi Kementerian Kesihatan Malaysia,  iaitu untuk menerajui dan berusaha bersama-sama :-

i)  untuk memudahkan dan membolehkan rakyat yang berumur 12 tahun dan ke
     bawah:

• mencapai sepenuhnya potensi dalam pengekalan kesihatan  Mata mereka.
• menghargai kesihatan penglihatan sebagai aset berharga dalam kehidupan.
• mengambil tanggungjawab dan tindakan positif demi kesihatan penglihatan anak/keluarga mereka.

ii)  untuk memastikan sistem penyiampaian perkhidmatan penjagaan mata yang berkualiti tinggi iaitu:

• mengutamakan pelanggan
• saksama
• tidak membebankan
• cekap
• wajar mengikut teknologi terkini
• boleh disesuaikan mengikut persekitaran
• inovatif

iii)  dengan menekankan terhadap etika perkhidmatan:

• sifat penyayang, profesionalisme dan kerja berpasukan
• sifat menghormati maruah insan
• penglibatan masyarakat